ＪＲ東日本の東北、上越、長野、山形、秋田の各新幹線は２９日、運行管理システムに障害があり、始発から運転を見合わせた。復旧作業を続け、各新幹線は午前９時ごろ、約３時間遅れで運転を開始した。ＪＲ東日本によると、障害があったのは東京都千代田区の新幹線運行本部内にあるメーンシステム。２９日午前零時から午前６時までのシステム切り替え作業中に障害が発生したとみられる。
東京駅では、家族連れやスノーボードを抱えた若者らで改札口周辺が混雑し、駅員が拡声機を使って「午前９時ごろには復旧する見込みです」と繰り返し説明。鉄道警察隊の警察官も警戒に当たったが、目立ったトラブルはなかった。
年末の帰省ラッシュが始まった２７日に山形新幹線が架線に木が倒れかかったため停止したほか、２８日にも秋田、山形、長野の各新幹線やＪＲ東海の東海道新幹線で雪、強風による運転見合わせや車両故障などがあり、計約３万６００人に影響した。
